한국뇌신경학회는 1992년 한국신경과학회와 한국신경생물학회가 설립이 되어 약 5년 동안 두 학회가 독립적으로 운영이 되어 오다 1997년 한국뇌신경과학회란 명칭아래 서로 통합되었다.
이 후 매년 춘계, 추계 2번씩의 학술회의를 개최하여 과학자들에게 국제적 연구 동향을 소개하였고 아울러 학술정보의 교류를 촉진시켰다.
특히 2002년 9월에는 제3회 아시아 대양주 신경과학학회 연맹 (The Federation of Asian-Oceanian Neuroscience Societies, FAONS) 학술대회를 서울에서 성황리에 개최하여 우리나라 신경과학의 위상을 국제적으로 높이는 계기를 만들었다.
FAONS 학술대회는 4년마다 열리는 것으로 제3회 학술대회를 우리나라에서 열었음은 상당한 의미를 갖는 것이었다.
아시아 약 15개국에서 300여명이 참석하여 17개의 심포지움과 3 연제의 전체 강의를 운영하여 신경과학 영역을 망라하여 특히 신진 학문 세대가 최신 지견에 접할 수 있는 좋은 기회를 제공하였다.
현재 회원수는 약 900명이다.